水銀は人工物、天然物を問わず全てのものに含まれています。
中でも最も多くの水銀が分布しているのは地球地殻であり、10km以内の表層付近だけで約6億トンもの水銀が存在しています。
これらの水銀は、北海道のイトムカやスロベニアのイドリヤに代表されるような水銀鉱山からも排出されるほか、火山活動や地下水などにより放出され、人を含む生物の健康及び生態系に影響を及ぼす恐れがあります。

この様に土壌から放出された水銀は、呼吸による吸引または飲料水や水銀汚染された魚介類の摂食によって人へ取り込まれていく可能性があります。
そこで、土壌中に含まれている水銀等の有害物質から人々の健康を守るため、土壌汚染対策法では土壌溶出量、土壌含有量、地下水の水銀濃度の基準、そして汚染があった場合の措置を定めています。

また、海域や河川・湖沼の底質に含まれる水銀は、底質から溶出し、水質汚染の原因となる可能性があるため、底質の暫定除去基準により基準値が設けられています。
それに加え、「水底土砂に係る判定基準」によって、海洋の埋立を行う際の浚渫した土砂に含まれる水銀にも基準が設けられる等、土壌及び底質中の水銀含有量には厳しい規制が課せられています。